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该校始建于1954年，原名黑龙江省中医进修学校，1959年定名为黑龙江中医学院，1996年经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学，现为黑龙江省重点建设的高水平大学。该校于2004年获得全国首批教育部本科教学工作水平评估优秀结论，2007年成为全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位，2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位。
该校下设9个学院、7个附属医院（5个非直属）、1个研究院、16个教学医院和69个实习医院或实习基地。有17个学科具有博士学位授予权，28个学科具有硕士学位授予权。
该校设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，是国家首批第二类特色专业（中医学）建设点和国家第一类特色专业（中药学、药物制剂和针灸推拿学）建设点，是国家首批中药类人才培养模式创新实验区。有国家级重点学科4个、国家中医药管理局重点学科4个、省级重点学科18个；有国家级精品课程7门，省级精品课程18门。该校为国务院学位委员会批准的临床医学博士、硕士专业学位教育试点院校，国家药品临床研究基地，“长江学者”奖励计划设置特聘教授岗位的高等院校之一。
2008年，该校有教职工2449人（校本部1093人）。其中，教授、副教授及相应职称人员685名，博士研究生导师86人，硕士研究生导师221人，有38位专家享受政府特殊津贴，卫生部有突出贡献中青年专家3名，百千万人才工程国家级人选4人，国家级教学名师2名，全国先进工作者1名，巾帼建功标兵1名，全国优秀教师6名。现有“长江学者”讲座教授1人，“龙江学者”特聘教授5人。中药化学团队被评为国家级教学团队，中医内科学团队被评为省级教学团队。截至年末，该校有全日制在校生14165人。其中，博士研究生217人，硕士研究生1118人，七年制学生1155人，本科生7729人，专科生3554人，留学生392人。
2008年，该校被省政府确定为实施高教强省规划中重点建设的10所大学之一。该校经教育部批准增设市场营销、社会工作两个专业。截至年末，该校共有18个本科专业及13个专业方向，涵盖医、理、文、工、管、法等多个学科门类。校本部共有16个本科专业及12个专业方向面向全国26个省、市、自治区招生，共计招收本科学生2100人；佳木斯学院专科学生1300人。本科毕业生一次就业率达到89.3%，比上年略有提高。
2008年，该校成立研究生学院，招收统招硕士生373人、博士生74人，推荐优秀本科应届毕业生免试攻读硕士学位9人。共授予博士学位74人，硕士学位450人。完成6名博士后研究人员出站及16名博士后研究人员的进站考核工作。由该校博士生导师匡海学教授指导的《洋金花治疗银屑病有效部位的化学成分和药理作用研究》博士学位论文入选全国优秀百篇博士学位论文，使该校成为全国第三所获此荣誉的中医药院校，标志着该校的研究生培养质量已达到全国同类院校的领先水平。
2008年，该校发展职业教育和岗前培训，创办了哈尔滨医药保健技工学校。截至年末，各类成人教育在籍学生达9350人。
2008年，该校获得各级各类科研项目226项。其中，国家级项目6项，包括国家公益性行业专项课题2项、国家自然科学基金课题3项；省部级项目44项，包括教育部“春晖计划”项目10项、省重大科技攻关项目2项、杰出青年基金项目1项；厅局级项目176项。获得各级各类科学技术奖励29项。其中，黑龙江省科学技术奖10项，中国针灸学会科学技术奖1项，黑龙江省医药行业科学技术奖9项。“十五”以来，该校已获得各级各类科研课题立项1164项，其中国家“973”项目3项、“863”项目1项；获得各级各类奖励358项，其中国家科技进步二等奖6项、中华中医药科技进步一等奖1项、黑龙江省科技进步一等奖4项。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。
2008年，该校与黑龙江省、教育部共建的北药基础与应用研究重点实验室通过教育部评审，并获得批准。中药血清药物化学重点研究室、方剂配伍重点研究室和不孕症“证、治”重点研究室被确定为国家中医管理局首批重点研究室，并有4个国家中医药管理局三级实验室通过专家组验收。中药血清药物化学重点实验室、针灸临床神经生物学重点实验室被批准为黑龙江省重点实验室。组织申报6个国家中医药管理局三级科研实验室，并通过专家组评审。该校的中药新药研发技术平台被黑龙江省教育厅确定为高教强省六大技术创新平台之一。省内唯一一家药物安全性评价中心（GLP实验室）已进入试运行阶段。
2008年，该校附属第一医院被确定为国家中医临床研究基地中重点研究妇儿病的基地，附属第二医院充分发挥针灸、推拿、康复诊疗技术的龙头作用，加强中医优势病种建设，成为全国首批现代化中医院建设单位。
2008年，该校被评为全省十佳和谐校园、全国精神文明创建工作先进单位。大学生社会实践活动连续多年受到中宣部、教育部、团中央联合表彰。
2008年，该校编辑出版的《中医药学报》、《中医药信息》、《针灸临床杂志》均被确定为中国科技核心期刊。
2008年，该校承办全国中医药高等教育评估研究会年会，来自全国各中医药高等院校的专家对如何建立中医药人才培养的质量保证体系进行了深入探讨。该校还承办了中国针灸学会脑病科学专业委员会第二届学术会议、中国药学会药事管理专业委员会年会暨“加快推进建立国家基本药物制度”研讨会和全国首届博士后瑶医药科学论坛等大型全国性学术会议。该校举办第五届中俄生物医药论坛、承办了首次中德睡眠研究学术研讨会、第二届多囊卵巢综合征国际论坛等大型国际学术会议。该校和哈尔滨师范大学与英国伦敦南岸大学合作建立的世界首家中医孔子学院正式挂牌招生，并已经开课。派出境外访问团12个，接待境外来访团40个，与国外、境外的组织机构新签订各类合作交流协议及意向书11项。
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