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2009年，该校下设9个学院，8个附属医院（6个非直属），1个研究院，16个教学医院和85个实习基地。有17个学科具有博士学位授予权，28个学科具有硕士学位授予权。设有18个本科专业及13个专业方向，涵盖医、理、文、工、管、法等多个学科门类。至年末，该校有全日制在校生14647人。其中，博士研究生216人，硕士研究生1205人，七年制学生1138人，本科生8035人，专科生3648人，留学生405人。
该校设有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，是国家首批第二类特色专业（中医学）建设点和国家第一类特色专业（中药学、药物制剂和针灸推拿学）建设点。中药类人才培养模式创新实验区为教育部首批人才培养模式创新实验区，中医临床人才培养模式创新试验区为黑龙江省人才培养模式创新试验区。有国家级重点学科4个，国家中医药管理局重点学科9个，省级重点学科18个；学校为国务院学位委员会批准的临床医学博士、硕士专业学位教育试点院校，国家药品临床研究基地。学校教学实验中心是全国首批6所医学院校国家级实验教学示范中心之一。学校获全国首届优秀高等教育研究机构。
该校附属第一医院（临床医学院）为国家中医临床研究基地建设单位、国家三级甲等医院、全国示范中医医院。该校附属第二医院（针灸推拿学院）是以针灸推拿康复为特色的三级甲等医院，为全国首批现代化中医院建设单位。两个附属医院有国家级医疗中心和重点专科7个，省级医疗中心和重点专科11个。
2009年，该校有教职工2486人（校本部1117人）。其中，教授、副教授及相应职称人员685名，博士研究生导师92人，硕士研究生导师219人，有38位专家享受政府特殊津贴，卫生部有突出贡献中青年专家3名，百千万人才工程国家级人选4人，国家级教学名师3名，全国巾帼建功标兵1名，全国优秀教师6名。现有长江学者讲座教授1人，龙江学者特聘教授6人。中药化学教学团队、方剂学教学团队、中医内科学教学团队、中药鉴定学教学团队被评为省级教学团队，中药化学教学团队和方剂学教学团队被确定为国家级教学团队。
2009年，该校完善了《高水平大学建设项目方案》，确定特色优势学科建设项目，各特色优势学科分别制订了近期和远期建设目标，正在分步实施。该校9个学科被评为国家中医药管理局中医药重点学科，22个学科被批准为省级继续教育基地，14个学科通过教育厅“十一五”期间重点学科建设中期检查评估，其中9个学科获优秀评估结论。该校被省教育厅评为省级“十一五”国家重点学科建设先进单位，被省人力资源和社会保障厅评为省级重点学科（专业）带头人梯队建设管理工作优秀单位，中药学、方剂学、中医妇科学3个学科被评为优秀省级重点学科（专业）带头人梯队。
2009年，该校中医妇科学被评为国家级精品课程，中医诊断学、神经病学被评为省级精品课程。该校已有国家级精品课程8门，省级精品课程20门。中药化学、无机化学、神经解剖学教材被评为新世纪全国高等中医药优秀教材。主编高职高专规划教材12部，副主编教材24部。
2009年，该校推进教学内容、教学方法、教学手段的改革，初步完成药学类教学改革工作。开展教学大奖赛和教学方法改革优秀论文评选活动，促进了教学水平的全面提升。举办教育部中外医学史骨干教师培训班，承办全省大中专院校教育科研负责人年度工作会议。全年该校获得国家教学成果二等奖1项，省级教学成果一等奖2项，二等奖6项。至此，该校已获得国家教学成果一等奖1项、二等奖5项，省级教学成果奖33项。
2009年，该校招收博士生77人，统招硕士生433人，推荐优秀本科应届毕业生免试攻读硕士学位31人。共授予博士学位70人，硕士学位571人。完成22名博士后研究人员出站及25名博士后研究人员的进站考核工作。2008年，该校培养的博士撰写的论文获得教育部、国务院学术委员会全国优秀博士学位论文，2009年又获全国优秀博士学位论文提名论文，成为全国第三个获此荣誉的中医药大学。全年批准11人兼职博士生指导教师资格，批准15人兼职硕士生指导教师资格。完成第四批全国名老中医药专家经验继承研究生班的集中授课及开题报告工作。
2009年，该校招生范围已扩大到全国28个省份，本科二批次均为第一志愿录取，录取分数居省属高校第一位。招收留学生133人，毕业52人，在籍留学生405人，是该校自1985年开始国际教育以来在籍留学生数最多、规模最大的一年，生源已涵盖亚洲、欧洲、北美洲、南美洲和大洋洲。该校及时召开第二次毕业生就业工作会议，提出全员参与毕业生就业工作的新举措。2009年本科毕业生1392人，一次性就业率88.98%。
2009年，该校获得各级各类科研项目126项，获得科研经费总额4837.08万元，为学校历年最多。其中，国家级课题18项，省部级47项，厅局级36项，校级25项。国家级项目包括科技部“重大新药创制”重大专项12项。其中，新药研究开发关键技术项目1项，新药临床前研究项目1项，候选药物8项，与企业合作平台建设项目2项。获得自然科学基金项目4项。
2009年，该校获得各级各类科学技术奖励51项。其中，国家技术发明二等奖1项，这是该校历史上首次获得国家技术发明奖；教育部科学技术一等奖1项；中华中医药学会科学技术一等奖1项，三等奖1项；中国中西医结合学会三等奖1项；黑龙江省科技进步一等奖1项，二等奖9项，三等奖5项；厅局级奖励31项。
2009年，该校北药基础与应用研究重点实验室被教育部批准为省部共建教育部重点实验室，6个新批准的国家中医药管理局三级实验室和3个重点研究室开始运行，8个黑龙江省普通高校重点实验室通过省教育厅组织的评估和评审，该校的重点实验室建设实现跨越式发展。
2009年，该校中药及方剂血清药物化学研究团队被省教育厅确定为黑龙江省高校科技创新团队；该校被教育厅确定为“高教强省”六大科技创新平台——黑龙江省中药新药研发技术平台建设单位。
2009年，该校被国家科技部批准为国家级中医药国际科技合作基地，为开展国际合作搭建平台。全年获得对外合作项目31项，合作金额177万元。其中，科技部国际合作项目2项，教育部春晖计划项目25项，科技厅国际合作项目1项，留学基金1项，教育厅海外学人项目2项。
2009年，该校组织参加第六届中俄生物医药论坛，日本学术振兴会亚非创新药物联盟国际研讨会，2009多伦多国际传统医学手法大会，2009年第九届亚细安中医药学术大会。承办现代分析技术与中医药研究学术研讨会，特邀20余名国内外着名专家作大会报告。全年举办大型学术会议4次，学术讲座18次。
2009年，该校《中医药学报》和《针灸临床杂志》被收录为中国科技核心期刊，《中医药学报》被美国《化学文摘》、美国《乌利希期刊指南》列为来源期刊。《中医药学报》和《中医药信息》的影响因子分别达到0.509和0.501，已经进入国内中医药期刊杂志的先进行列。
2009年，该校国家中医临床研究基地项目基建规划项目顺利审定并建设，可行性研究报告已通过国家的审核。确定2个病种、5个学科和11个专科作为基地建设的重点，招聘主任医师2人、副主任医师1人、博士18人、硕士36人充实到临床科室和实验室，聘任中医妇科学学科龙江学者特聘教授1人、讲座教授1人，选派3名学术骨干赴国外进修学习。制定重点病种研究项目首席专家负责制和国家中医临床研究基地伦理委员会管理制度。
2009年，在第四届全球孔子学院大会上，该校承办的世界首家中医孔子学院被教育部评为全球20家2009先进孔子学院之一。该校被教育部批准为接收孔子学院奖学金生院校，是唯一一所可以接受中医类留学生的孔子学院奖学金生资格院校。
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