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该校的前身是创建于1953年的中国人民解放军军事工程学院，陈赓大将任首任院长兼政委。1970年，组建哈尔滨船舶工程学院。1978年，该校被国务院确定为全国重点大学。1994年，更名为哈尔滨工程大学。
该校现隶属于国防科学技术工业委员会，并由国防科学技术工业委员会、教育部、黑龙江省人民政府与中国人民解放军海军四方共建，是一所以工为主，工、理、管、文、法、经多学科协调发展的全国重点大学，是国家“211工程”首批建设学校和国家56所设有研究生院、43所拥有国家大学科技园的全国重点高校之一。2006年，通过教育部本科教学工作水平评估现场考察，获优秀评价。
该校占地面积106.9万平方米，建筑面积88.5万平方米。现有教职工3064人，其中院士6人，博士生导师247人，国务院学科评议组成员2人，“长江学者奖励计划”讲座教授2人，全国优秀教师、模范教师8人，入选省部级以上各类人才工程60多人，国家及省部级有突出贡献的中青年专家25人。
该校设有船舶工程学院、建筑工程学院、动力与能源工程学院、自动化学院、水声工程学院、计算机科学与技术学院、机电工程学院、信息与通信工程学院、经济管理学院、材料科学与化学工程学院、理学院、人文社会科学学院、核科学与技术学院、国际合作教育学院、继续教育学院等15个二级学院，以及外语系、工程训练中心、体育军事训练部等3个教学系（部）。该校是首批有权授予博士、硕士学位的单位。现有博士后科研流动站11个，博士后科研工作站1个，一级博士学位授权学科6个，二级博士学位授权学科25个，硕士学位授权学科92个，工程硕士授权工程领域22个，本科专业52个。
该校建有各类专业和基础实验室126个。现有国家重点学科5个，其中包括船舶与海洋工程1个一级学科和水声工程，船舶与海洋结构物设计与制造，导航、制导与控制，轮机工程4个二级学科；船舶与海洋工程、核工程与核技术、热能与动力工程3个国防重点建设专业，固体力学、导航、制导与控制、船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程、水声工程、核能科学与工程、辐射防护与环境保护7个国防重点学科；有核能科学与工程、核技术及应用2个国防特色紧缺学科，核反应堆工程、核技术、辐射防护与环境工程、质量与可靠性工程、保密与信息安全工程5个国防特色紧缺专业；有水声技术和水下智能机器人2个国家级重点实验室，11个部级重点实验室及工程研究中心，一个国家电工电子教学基地，2个国家级实验教学示范中心。
2007年，该校的核动力安全与仿真创新引智基地继深海工程技术创新引智基地后再次获得国家“111计划”立项支持；首次获准建设船舶控制工程教育部工程研究中心和超轻材料与表面技术教育部重点实验室。
该校是国防科技工业高层次人才培养的重要基地。建校以来，该校共培养了近6万名各类高级专门人才。迄今为止，该校培养了200多位将军和省部级领导、40多位两院院士，以及数万名高科技人才。毕业生一次就业率连续多年保持在95%以上，多次获国防科工委、黑龙江省就业工作先进单位称号。被教育部、解放军总政治部列入“21世纪人才强军计划”，是海军在东北地区惟一选拔培养后备军官的依托院校。
该校注重教学研究，近年来，获国家及省部级优秀成果奖150多项。多次获全国学位与研究生教育先进集体、全国优秀教务处、全国心理健康教育先进集体、全国体育卫生工作先进集体、全国学生军事训练工作先进单位等称号。
该校全国四、六级英语统考通过率连续十二年居全省高校前列。在“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛、“挑战杯”课外学术科技作品竞赛、亚太及全国大学生机器人电视大赛、美国国际大学生数学建模竞赛、全国大学生电子设计竞赛等各类国际国内赛事中，获得国际、国家级奖近百项。大学生社会实践活动连续十七次受到中宣部、教育部、团中央联合表彰。该校被团中央、全国青联授予“中国青年科技创新行动示范基地”称号，被教育部批准为“国家大学生文化素质教育基地”。该校三篇论文入选“全国百篇优秀博士论文”，二篇论文获得提名。
该校现有在校学生23452人。其中，研究生6268人，本科生13705人，继续教育学生2312人，外国留学生84人。2007年，该校招收研究生2458人，本科生3075人；毕业研究生2147人，本科生3967人。毕业生一次性就业率为96.6%，居黑龙江省首位；举办了2007“船舶与海洋工程”全国博士生学术论坛；校团委获全国“五四”红旗团委标兵称号。
该校设有船舶工程技术设计研究院、深海工程技术研究中心、核动力仿真研究中心等40多个研究机构，已成为中国船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用领域科学研究的重要基地。学校的潜器技术、水下机器人技术、船舶减摇技术、动力定位技术、组合导航技术、水声定位技术、核动力仿真技术等居国内领先或国际先进地位。该校通过了ISO9000国际质量体系认证，是国内首家通过“双认证”的大学，科研产品的质量管理已经与世界接轨。2007年，该校科研经费到位4.2亿元，居全国高校前列；国家自然科学基金立项32项，教育部博士点基金立项21项，申请专利187项，发表的论文被三大检索收录881篇；获国防科技奖一等奖2项，省自然科学奖一等奖1项。
该校与美国、英国、俄罗斯、法国、德国、日本、意大利、加拿大等15个国家60多所大学和科研机构建立了交流与合作关系，互派学者教授访问、讲学，开展合作研究，联合办学。该校与美国加州伯克利分校、俄罗斯鲍曼大学、斯特拉斯克莱德大学、赫特福德大学、新英格兰大学等多个国家的十几所大学开展了本科、硕士、博士等多层次联合办学。
2007年，该校举办了深海工程研讨会、ASIA-LINK船舶设计制造及运营国际学术会议、第四届IEEE机电一体化与自动化国际会议、高级数据挖掘及应用、与第二届国际危机响应与管理信息系统中国研讨会暨2007年国际减灾大会（IDRC）会后会等各类国际会议、学术研讨会，其中第四届IEEE机电一体化与自动化国际会议，创下世界上已举办的有关机电一体化、自动化领域的国际会议论文投稿和录用论文的最高纪录。学校与澳大利亚悉尼大学、俄罗斯圣彼得堡国立工业大学、国立普希金俄语学院签订合作教育协议，以多种形式联合培养学生。 |
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