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2008年，该院联系哈尔滨市经济社会发展实际，着重在建设社会主义和谐社会，年度经济社会发展形势分析预测，日本军细菌战问题，对俄、日、韩经贸科技合作，城市特色文化与旅游，推进新农村建设等领域开展研究，取得了丰硕成果。
科研成果在质与量上有了新提升。2008年，该院共完成并上报研究报告、决策参考51项，其中重点课题40项，有19项成果获得市领导批示，批示率为37%。包括决策参考《用文化交流促进哈尔滨与日本地方间友好交往》，研究报告《大冬会城市形象建设与哈尔滨市民文明素质的培育》，联合课题《吉、辽、鲁新农村建设经验以及对哈尔滨市新农村建设启示》、《专家共谋良计助推哈尔滨特色文化旅游快速开发》等。全年该院在承担上级部门交办的重大科研项目上取得新的成绩。完成了市政协交办课题《发挥政府主导作用，促进职业教育快速发展》、市纪委交办课题《反腐倡廉要“更加注重制度建设”》、市政府交办课题《哈尔滨市政府机构改革建议案》、市委宣传部交办课题《哈尔滨市文化产业发展规划》、市政府经济研究网络重点课题《哈尔滨建设夏都的构想及对策》。其中承担的《哈尔滨建设夏都的构想及对策》获市政府网络课题一等奖。
基础理论研究取得优异成绩。全年共出版专著5部，发表理论文章30余篇。3月，该院重点研究项目——专著《2007～2008年哈尔滨市社会发展蓝皮书》、《2007～2008年哈尔滨市经济发展蓝皮书》正式出版。标志着该院在服务职能上又有了新突破，这是构建社会科学决策咨询系统的又一创新。7月，《日本军细菌战》一书出版发行。这部著作涵盖了20世纪30～40年代日军研究、实验、实施细菌战的原委、过程、其所造成的恶果及战后对日军细菌战审判、历史遗址保护和利用等，全面揭示日军实施细菌战的真实历史，是中国学术界全面、综合性研究日军实施细菌战的代表作。
《俄罗斯人看哈尔滨》、《金上京文史论丛》（第二册）在全国公开出版发行。在国家、省、市级刊物上发表论文30余篇，分别发表在《中国青年政治学院学报》、《当代韩国》、《冰雪运动》、《边疆经济与文化》、《学理论》等刊物上。
2008年，省委宣传部主持召开三次“七三一”专题座谈会，把“侵华日军细菌战罪行系列研究”立项为省委宣传部重大委托项目。这是建院以来，该院首次获得省委的重大委托项目。在“七三一”遗址申报世界遗产研究方面，也取得较大进展。由此而形成的研究报告《保护挖掘历史资源，深入开展“七三一”遗址研究》，推动了“七三一”遗址保护、开发、利用和申遗工作。
2008年，该院承办了第四届“七三一部队”罪行国际学术研讨会，来自中国、日本、韩国、俄罗斯、蒙古等国的140余位专家学者参会，以揭露二战期间侵华日军所犯下的罪行为主要研讨内容，以“牢记历史、不忘过去、珍爱和平、开创未来”为主题，对“七三一部队”罪行、细菌战、毒气战、开拓团、医学犯罪、劳工、慰安妇等侵华日军相关问题展开研讨与交流。这是国际上对于日本侵略战争犯罪问题等所举办的又一次具有重要现实意义的学术研讨会，进一步推动了中日战争遗留问题的解决。
为配合全市纪念改革开放30周年活动，该院组织召开了纪念改革开放30周年国际关系学术报告会，邀请国务院发展研究中心欧亚社会发展研究所副所长高中毅研究员围绕中国对外开放战略的新思维和新时期的中俄战略伙伴关系作了学术报告。各研究所根据自身学科特点，分别就不同主题召开学术研讨会。旅游所召开了哈尔滨特色文化与旅游开发专家研讨会；经济所召开了改革开放30年哈尔滨市经济发展理论与实践研讨会；对外经贸所召开了哈尔滨市对俄对韩经贸合作战略升级学术研讨会暨2008年东北亚区域合作与发展研究会年会。此外，社会学所就哈尔滨市社会事业建设、农村建设研究所就新农村建设存在的问题与对策分别召开了学术研讨会。
6月，该院参加了全国城市社科院第18次院长联席会议暨和谐文化建设理论研讨会。来自全国30多个大中城市的50多位专家学者围绕“推动科学发展，促进社会和谐”这一主题展开研讨，共商哲学社会科学事业发展大计。副院长李宏君代表哈尔滨市社科院作了主题发言，研究员王晶作了专题发言。会上，该院被全国城市社科院联席会评为优秀社科院；该院提交的两篇论文均获优秀论文一等奖。该院组织专家学者参加了首届东北亚区域合作发展国际论坛、黑龙江历史文化资源挖掘与保护开发利用理论研讨会暨工作推进会、黑龙江省冰雪文化产业论坛、第五次中韩经济贸易论坛、黑龙江省纪念改革开放30周年理论研讨会、第三届中国学术论坛等30余次研讨会，在第三届中国学术论坛上，研究员曾燕南作为东北三省唯一入选学者，在会议上交流中英文双语论文，并作了主题为“东北老工业基地振兴与国有企业发展定位研究”的演讲。
对外经贸所承办了第六届亚太学会年会暨学术研讨会，代表市政府参加第二届中韩文化节；经济学所与市委宣传部、市经济委员会、市社科联联办哈尔滨发展论坛研讨会，与市改善办联合开展“排除梗阻，优化环境”主题调研活动。
继续坚持开门办院方针。2008年，该院接待了来自日本、俄罗斯等国的专家学者，就科技、文化、经贸合作、要塞问题进行了较为深入的探讨。对外经贸所接待了日本大阪大学教授田美智子一行三人学术访问团和日本北海道大学学者仲田力博士的访问。地方史和旅游研究所与哈尔滨师范大学建立了长期的合作关系，合作培养硕士研究生。研究员王晶受市政协之邀参加市政协常委扩大会议，并以非政协委员的专家身份参会、发言，与研究员夏焕新一同被聘为市政府信息员。“七三一”研究所就日本军细菌战、日本关东军虎头要塞等问题接待了日本学者的访问。
青少年发展中心在职业教育领域发展迅速，市场营销培训、物流管理培训、经理人培训、营养保健培训、人力资源培训成为该中心的主流培训业务。在科研开发中，青少年发展中心先后开发出QS企业管理模拟实战实验室和QS外贸管理实验室，该实验室在哈尔滨师范大学首次安装并投入使用。经济咨询中心与市工商联建立起合作关系，并为市工商联所属的民营企业家们提供服务。京旗文化研究所利用历史文物资源积极招商，开发建设了满族历史博物馆及民族风情村；开办了“五常讲坛”，并邀请名人讲座。利用全国著名清史专家阎崇年来阿城参加第五届金源文化节的机会，特邀其来五常讲座。《黑龙江画报》两次刊登京旗文化、五常民俗的内容，并在香港发行。金源文化研究所以金上京文史研究会为载体组织召开了中国·哈尔滨（阿城）金上京首届企业家研讨会；录制播出了48集金源文化系列电视讲座；在省图书馆、省社科联联合策划的“龙江讲坛”《金史》系列讲座中，金源文化研究所有五位专家登上讲坛。按计划编撰出版了《金初历史读本》，并已进入中小学课堂。要塞研究所与日本要塞考察团联合开展了学术考察活动，参与了海拉尔要塞遗址博物馆的建设工作，搜集到日文资料《苏军进攻日军》、《第八国境守备队覆灭记》、《大日本帝国海陆军》等史料和数十张珍贵历史照片，翻译有关日军要塞资料3万字；诺门罕战争研究所接待了对诺门罕战争遗址进行考察的日本友好团体，协助香港卫视中文台和中央电视台拍摄了有关诺门罕战争资料，共200余万字，照片近百张。翻译日文资料4万余字。
2008年，该院学科建设取得突破性进展。区域经济学（中俄经贸关系研究）被市人事局认定为哈尔滨市市级重点学科，成为该院历史上第一个市级重点学科和哈尔滨市历史上第一个社会科学类重点学科。
2008年，该院创建了“七三一”国际资料中心。该中心规范化、科学化建档工作自2007年始，现已基本建设完成。对已经收集到的细菌战资料进行全面的整理，编排成目录、装订成文本样式，为“七三一”遗址申报世界文化遗产提供文本文件。该中心已经成为集中文、英文、日文等语言，涵盖图书、档案、文献、影音等表现方式的国内外最具学术性、代表性，全面系统地记录侵华日军细菌战罪行的资料库。目前该中心已经将其作为创新性项目上报市委考核处，侵华日本军细菌战研究所已经建立起网站。
2008年，该院出台了《哈尔滨市社科院职称评审程序》、《哈尔滨市社会科学院关于“三个一”优秀科研成果评选方案》等科研管理制度，调整了学术委员会，对科研人员接受媒体采访和成果呈报也作出了相应的规定。全年该院有1人晋升研究员，9人晋升助理研究员，2人晋升研究实习员。 该院组织科研人员参加第14次社科评奖。其中，《当代城市发展丛书·哈尔滨卷》获专著类一等奖；《日本关东军要塞》获编著类二等奖；研究报告《关于省级非物质文化遗产哈尔滨儿童艺术剧院“双城皮影戏”的调查》、《“禁商令”颁行后俄远东民贸市场的情况》和《“平安哈尔滨”建设与社会治安形势分析与预测》获报告类三等奖；研究报告《韩国对俄贸易战略对我市的启示》获报告类佳作奖。
学术阵地建设。2008年，哈尔滨年鉴社创建哈尔滨年鉴网，读者可直接到网站了解《哈尔滨年鉴》编纂动态。受市委、市政府委托，哈尔滨年鉴社承担了《中国哈尔滨通鉴》16年的编撰工作，已完成样条200余条，并通过主办单位审核。《哈尔滨年鉴》在全国第四次编校质量检查评比中获一等奖。在中国版协年鉴工作委员会换届改选中，院长鲍海春当选为副主任；张宏雷当选为城市工作部副主任、丁日杰当选为学术委员会委员；《哈尔滨年鉴》成为常务理事单位。2008年1月，《学理论》杂志由哈尔滨市社会科学院主管、主办。增加了学术研究的职能，拓展了理论阵地，由月刊变为半月刊。《学理论》学习版、学术版以其鲜明的理论宣传、思想教育和人文社会科学知识的特征，在行业内奠定了学术地位。《学理论》先后被《中国学术期刊网络出版总库》、《中文科技期刊数据库》、《中国核心期刊（遴选）数据库》收录。
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