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2009年，哈尔滨市社会科学院完成应用类研究成果50项，其中《研究报告》37项，《决策参考》13项；省、市交办课题4项；调研联席会议课题4项。有14项研究成果分别得到杜宇新、朴逸、张少良、张显友等市领导的肯定性批示。该院打造的学术品牌“蓝皮书”得到了市委领导、市委宣传部重视，2009年“蓝皮书”被列入哈尔滨市宣传思想文化重点工作项目。“蓝皮书”于2009年5月在全国公开出版发行，《哈尔滨日报》等媒体给予报道。在全国重要学术刊物上发表理论学术文章12篇。
2009年，注重推进基础理论研究。研究项目《七三一部队细菌战贻害研究》一书，于2009年5月正式出版发行，并得到好评。中国新闻网、新浪、搜狐、网易等媒体进行了报道和转载。
2009年8月，新中国成立60周年献礼项目——《建设现代文明城市的理论探索》出版。全书共分经济、社会和文化三篇，收录了110篇文章、82万字。该书出版以来得到社会各界人士的好评，成为认识哈尔滨市情、了解哈尔滨发展趋势、把握哈尔滨发展方向的重要工具书。
2009年是该院接受“侵华日军细菌战罪行系列研究”任务的第二年。该院按照要求组织开展此项工作。其中，子课题《日本军细菌战原队员证言集》已经全部完成书稿40万字。子课题《侵华日军细菌战罪证资料专辑》完成全部书稿30万字。
完成市政府交办的韩国周研讨任务。韩国周期间，该院承担了金融危机背景下的中韩经贸合作论坛和20世纪初的哈尔滨与韩国研讨会。通过论坛和研讨，使中韩双方在经贸合作领域达成了广泛共识，探索出实现双赢的有效途径，把哈尔滨与韩国的经贸合作提升到新的水平，为哈尔滨进一步开展与韩国的合作奠定了良好的基础。韩国媒体KBS 、中方媒体新华社、《哈尔滨日报》、东北网给予了报道。
完成了市委交办的2009年度重点课题《2010～2015年哈尔滨市文化发展规划》（征求意见稿）。该院组织精干力量联合攻关，通过专家建议座谈会，区县（市）宣传部和市直有关单位工作布置会等充分的论证和讨论后，初稿已完成，正在全面征求意见。同时该院还完成了市调研联席会议课题《加强我市企业经营管理人才队伍建设的对策建议》，市委委托项目《哈尔滨通鉴》，省规划勘测设计院委托的有关太阳岛风景区规划方面的两项课题，市委宣传部委托课题《金源文化保护与开发研究》，市纪检委委托课题《新时期党内优良作风养成途径研究》，道外区政府委托课题《道外区工业发展战略研究》等课题项目。
2009年，该院选派科研人员参加了中俄国际区域合作与发展学术研讨会、世界知识城市峰会、第二届东北亚区域合作发展国际论坛；参加了中国社会学年会、全国文化产业博览会。
发挥哈尔滨冰雪优势，该院召开了深入发掘哈尔滨冰雪优势研讨会。召开了学习和弘扬大庆精神研讨会，会议综述得到了原市委书记杜宇新和市委宣传部长朴逸的肯定性批示，并在《哈尔滨日报》理论版全文刊发。哈尔滨市社科院承办了新中国成立60年哈尔滨市经济形势分析与展望学术研讨会。该院组织召开了文明城市建设研讨会、侵华日军细菌战罪行专题研讨会、全市青少年素质教育与国学教育理论研讨会、黑龙江五国城文化暨满族故里文化学术研讨会等学术会议。
2009年，继续开展社科院“三个一”优秀成果评选活动。《七三一部队细菌战贻害研究》获着作类优秀科研成果，发表于《光明日报》的理论文章《在公民道德建设实践中提高爱国主义教育实效》获论文类优秀科研成果，研究报告《哈尔滨市对俄罗斯经贸科技合作对策研究——我市对俄经贸合作20年》获研究报告类优秀科研成果。组织全院科研人员参加第十五次社科评奖。《日本军细菌战》获得专着类一等奖，《俄罗斯人看哈尔滨》获得编着类三等奖，《哈尔滨市旅行社人力资源优化管理的对策研究》、《关于哈尔滨市加强对俄科技合作的对策研究》分获报告类三等奖。
《哈尔滨年鉴》是近几年来，市社科院着力打造的精品工程之一。2009年，《哈尔滨年鉴》创新办刊理念，框架设计、条目撰写、装帧设计更加科学合理，内容围绕市委、市政府中心工作制定选题，使全书的地方特色和时代特征更加明显，刊物质量处于国内一流水平。2009年，在中国出版工作者协会年鉴工作委员会第四届全国年鉴编纂出版质量评比中，《哈尔滨年鉴》（2009年刊）获城市年鉴综合奖特等奖的好成绩，在全国所有城市年鉴排序中列第二名。同时，《哈尔滨年鉴》的框架设计、条目撰写、装帧设计也历史性地获得单项特等奖。
《学理论》办刊规模扩大，发行量由上年的2000余份增加到5000余份。2008年4月，刊期由半月刊变为旬刊，页码由96页变为200页，全年共出版32期。2009年，《学理论》围绕市委、市政府中心工作、新的发展战略和目标要求开展编刊工作。先后开辟了《学习实践科学发展观论坛》、《学习研究》、《理论与实践》、《理论百科》等特色专栏。加强与基层联系，密切了同各区县（市）关系。杂志社为各区县（市）免费开辟了彩版的宣传专栏，利用封二、封三广泛宣传各区县（市）的工作业绩。2009年年底，学理论社与市委宣传部联合组织了2009年度《学理论》优秀理论文章评选活动，评出优秀组织奖3个，优秀论文奖18篇。《学理论》在全市、全省、全国乃至国际上的影响不断扩大。2009年举办了《学理论》杂志创刊50周年研讨会。4月，赴山东省济南市参加了第十九届全国图书交易博览会，《学理论》在此次博览会上受到专家和读者的广泛关注。刊物还进一步加强了同中国学术期刊网、万方数据、中文科技期刊数据库的合作，网络平台的建立，扩大了《学理论》杂志在网络上的影响。《学理论》杂志机构用户3900个，分布在8个国家和地区；个人读者分布在9个国家和地区。
《新东方》、《东北史研究》两个内刊，根据自身实际设定了不同栏目，刊登文章的层次提高，作者队伍和稿件呈现出高层次化和高水平化。《新东方》在拓展外联方面迈出新步伐，市旅游局与该院实现了联办。
2009年是哈尔滨市社科院建院30周年，该院举行了隆重的院庆活动。此次纪念活动得到了市领导的高度重视，市委书记盖如垠发来贺信，市委宣传部朴逸部长到会作了重要讲话。讲话高度肯定了市社科建院30周年取得的成绩，提出了新的要求。部分城市社科院及省市有关单位参加了庆典活动，北京、上海社科院、黑龙江大学等单位也以贺电、贺信的方式表达祝贺。为庆祝建院30周年，该院组织开展了一系列庆祝活动。编写、出版了《建设现代文明城市的理论探索》、《亲历与回忆》、《哈尔滨市社科院30年》作为院庆献礼项目，对建院30周年来的经验进行了总结。为记录事业发展，展示精品成果，传承社会科学文化，市社科院筹建了哈尔滨市社科院院史展馆。较之其他城市社科院，展馆无论是在设计理念，还是馆藏数量都处于领先地位。
五国城文化研究所发挥地方研究队伍的优势，发掘地方历史文化资源，使五国城文化、满族故里文化、依兰满族民俗文化的研究基本形成体系。参与了《依兰县志》（1986～2005）、《哈尔滨市地名志（依兰篇）》的编纂工作。金源文化研究所2009年继续完成《阿城市中小学生——金初历史读本》的编撰工作。与省社科联联合策划《金史》系列讲座，并在东北网进行了转播。在阿城电视台开设《金源史话》系列讲座，为宣传金源文化和普及金史知识作了尝试。京旗文化研究所在2009年加快了历史文化保护开发的步伐，一是加强满族文化园区建设，指导牛家镇按照满族风格重新进行了规划；二是对京旗文化进行研究；三是帮助五常市政府规划满族文化园区。诺门罕战争研究所在新左旗召开了第二届诺门罕战争学术研讨会，参加了在蒙古国乌兰巴托召开的“诺门罕战争”学术研讨会，成立诺门罕战争国际研究中心，中心设在蒙古国国防大学，各国定期举办研讨会。侵华日军要塞研究所编印出版了《日本关东军黑河、瑷珲、法别拉要塞》，编辑完成了《日本关东军海拉尔要塞》。青少年发展研究所以“快乐影响”一卡通为新的服务载体，为青少年和社会架起了一座沟通的桥粱；开展亲子教育公益大讲堂，免费为家长和孩子提供亲子教育、感恩教育的培训活动。经济咨询中心为哈尔滨市相关部门提供咨询服务，并加强与市工商联联系，为市工商联所属的民营企业家们提供咨询服务。
受市政府委托，哈尔滨市社科院赴韩国参加中韩缘文化节，此项活动在全市宣传思想工作评比中，获得最佳创意奖。
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