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1986年，阿城县人民政府直属委办局有政府办公室、信访办公室、计划委员会、编制委员会、体制改革委员会、少数民族事务委员会、经济委员会、经济协作委员会、科学技术委员会、体育运动委员会、计划生育委员会、建设委员会、人事监察局、财政局、税务局、民政局、劳动局、审计局、统计局、物价局、档案局、工商行政管理局、标准计量局、土地管理局、农业局、林业局、水利局、电业局、农业机械管理局、畜牧局、水产局、工业局、二轻工业局、建筑材料工业局、乡镇企业管理局、交通局、商业局、粮食局、物资局、供销合作社、外贸公司、医药总公司、文化局、广播电视局、教育局、工农教育办公室、卫生局、公安局、司法局和人民防空办公室等50个。1987年2月24日，阿城撤县建市，阿城县人民政府改称阿城市人民政府。为适应改革开放和建立社会主义市场经济体制的需要，根据上级有关文件精神和市政府机构改革总体实施方案的要求，阿城市政府进行了一系列理顺部门之间关系、强化综合部门职能的调整。11月，成立监察局，人事监察局改为人事局。12月，成立房地产管理局和城市建设管理局。1988年8月，外贸公司改为外贸局；撤销市农业生产办公室，成立农业经济委员会。12月，教育局改为教育委员会，同时撤销工农教育办公室。1989年4月，成立城市建设综合开发管理办公室和财政税收物价大检查办公室，均为局级单位。12月，成立多种经营办公室；撤销计量管理局，成立技术监督局。1990年2月，成立阿城市政府法制办公室（局级）。1991年10月，成立宗教事务局，与民委合署办公。
1992年9月，将农业局、农机局、水利局、畜牧局、粮食局5个部门转变为总公司，暂时实行"一套人马，两块牌子"；撤销水产局、商业局、物资局、外贸局、农电局、多种经营办等6个部门，分别转变为总公司或公司；撤销工业局、二轻局、建材局，其职能划归经委；撤销物价局，其职能划归计委，市物价检查所隶属于计委；技术监督局降格为副局级，隶属于经委；撤销经协委，在计委内设经协办，为副局级单位；撤销保密局，其职能划归市委办和政府办；撤销人防办，其职能划归市政府办；撤销安全办，其职能划归公安局和劳动局；撤销财贸办，组建商贸委，承担内外贸易和流通领域行政管理的综合职能；文化局与体委合并为文化体育委员会；广播电视局同报社合并，成立市新闻中心，均属事业单位；农业区划办、国有资产管理局和物价大检查办降为副局级；矿产资源管理局改为矿产资源办，为副局级，隶属于计委。1993年2月，成立阿城市招商引资办公室（局级），挂靠计委。1994年1月，成立外资管理局，同贸促会合署办公，同时撤销招商引资办公室。1994年2月，恢复市广播电视局和报社。4月，成立旅游局，同外事侨务办合署办公，实行"一套人马，两块牌子"；技术监督局由副局级变为局级单位，隶属于市政府。恢复人民防空办公室，隶属于市政府办公室。1995年3月，矿产办改称为地质矿产局（副局级），隶属于计委；恢复市考评办公室（局级），与人事局合署办公；撤销水产公司，恢复水产局。
1996年，根据《关于阿城市直机关、乡镇、街道机构改革的实施意见》要求，撤销经济协作委员会办公室，职能划归外资管理局；撤销建设委员会、城建局，组建建设局；商业贸易委员会更名为商业贸易局；文化体育委员会更名为文化体育局，同教育委员会合署办公；编制委员会更名为机构编制委员会，常设机构为编委办，与人事局合署办公；农业经济委员会更名为农业工作办公室，同农业局一个机构两块牌子；农业开发办公室为议事协调机构，设在农业局，农业区划办公室并入农业开发办公室；市环保局与建设局合署办公；技术监督局与计委合署办公；广播电视局改为广播电视事业局，局级事业单位；档案局与档案馆合一，为市委直属事业单位，党史研究室并入档案局；组建市物价局，由计划委员会管理；国有资产管理局由财政局管理；信访办公室由市委办公室、市政府办公室管理，以市政府办公室管理为主；市人民防空办公室改为建设局内设机构，对外保留牌子；市民族事务委员会合并入市政府办公室，对外挂民族宗教事务局牌子；市外事侨务办公室和法制办公室改为市政府办公室内设机构；市安全委员会办公室并入市政府办公室，对外保留牌子；爱国卫生运动委员会办公室改为卫生局内设机构，对外保留牌子；科学技术协会挂靠科学技术委员会，对外保留牌子；税收财务物价大检查办公室改为财政局内设机构，对外保留牌子；市劳动仲裁委员会办公室改为劳动局内部机构。以上改为部、委、办、局内部机构的单位，规格为股级。1997年5月，社会人事保险公司更名为机关事业保险局。1998年，外资管理局更名为对外经济工作管理局。
2002年初，经委、计委合并为经济计划局，4月又更名为经济贸易局。乡企局、物价局并入经济贸易局；撤销商贸局，其行政职能划归经济贸易局；撤销经济体制改革委员会，其职能划入政府办公室；教育委员会更名为教育局，文化体育局并入教育局，挂文化体育局牌子；组建科学技术与信息产业局；劳动局更名为劳动和社会保障局；在农业局、农业工作办公室基础上，组建农业委员会；畜牧局转为事业单位，称畜牧总站，和原已改为事业单位的农机总站、水产总站隶属于农业委员会管理；农业开发办改为事业单位，隶属农业委员会；在土地管理局、地质矿产局基础上组建国土资源局；计划生育委员会更名为计划生育局；水利局更名为水务局；外贸局更名为招商引资办公室（4月又更名为发展计划局）；组建规划局。2003年11月，民族宗教事务局单独设置。2004年，组建招商局。
2005年4月，发展计划局变更为发展和改革局，计划生育局更名为人口和计划生育局，成立安全生产监督管理局和城市管理行政执法局，列入市政府成员序列。至2005年末，政府工作部门共31个（监察局不占机构限额）：政府办公室、经济计划局、教育局、公安局、司法局、监察局、民政局、财政局、人事局、劳动和社会保障局、建设局、交通局、农业委员会、卫生局、人口和计划生育局、审计局、国土资源局、统计局、水务局、林业局、科学技术与信息产业局、环境保护局、粮食局、规划局、发展和改革局、安全生产监督管理局、城市管理行政执法局、房地产事业管理局（事业编，以下同）、广播电视事业局、金上京历史博物馆、旅游事业局、招商局。 |
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