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该校始建于1926年，由原哈尔滨医科大学（其前身为中国医学先驱伍连德博士建立的哈尔滨医学专门学校）和原兴山（现鹤岗市）中国医科大学第一、二分校（其前身为中国共产党于1931年在江西瑞金建立的中国工农红军卫生学校）合并组建而成。该校历经80余年的发展建设，已跻身全国高等医学院校前列，是黑龙江省重点建设的“211工程”院校。设有基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院（继续教育学院）、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、口腔医学院、护理学院、麻醉学系、体育学部，第一至第五临床医学院（即附属医院）、大庆校区等附属单位。中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院等。
全校有教职工10101人，其中专业技术人员8917人；专业技术人员中有正高级职称的981人，有副高级职称的1697人。有中国工程院院士1人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，国家级教学名师2人，国家“长江学者”特聘教授、省“龙江学者”特聘教授16人，享受国务院政府特殊津贴119人，留学归国人员700余人。获中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部“高等学校骨干教师资助计划”优秀骨干教师和骨干教师、国家百千万人才工程第一和第二层次人选、吴阶平医学研究奖、何梁何利科技进步奖、保罗·杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人等国家及省的各种资助和奖励百余人次。
该校本部在校生为13553人。其中，博士生627人，硕士生3082人，本科生6053人，留学生72人；成人本科生1940人，成人专科生1779人。
该校有一级学科博士学位授权点4个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学）、二级学科博士学位授权点41个、硕士学位授权点49个，博士后科研流动站5个、博士后科研工作站2个，国家和省级重点学科（群）32个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，部省级重点实验室9个，省普通高校重点实验室11个。
该校五所临床医学院（附属医院）中三所为全国百佳医院。编制床位8820张，年终实际开放床位9383张，年平均开放床位数8372张，年门诊量3189715人次，年出院总人数285103人次，门诊收治与临床确诊符合率达99.95%。另有四所非直接隶属的临床医学院，有床位3000余张。临床医疗致力于科学研究，开展医疗新技术，同种异体劈裂脾移植、心脏移植、双手移植、单前臂移植和大肠癌、白血病的临床治疗等在国内有较大影响。
2008年，该校王志国教授通过“长江学者”讲座教授评审，实现了该校“长江学者”零的突破。吴坤教授获国家级教学名师奖，金连弘教授、李文志教授获省教学名师奖。根据上年“211工程”人才队伍建设项目的国外培训计划和国内培训计划，组织24名教师赴美国、香港参加培训。新增博士生导师43名、硕士生导师101名。
2008年，该校招收博士生214名、硕士生1050名、高等学校教师在职攻读硕士学位人员150名、硕士学位课程班学员169名、公共卫生硕士（MPH）16名。普通教育11个专业招收2959人。成人教育招生1286人。本科基础医学五年制专业、生物信息学专业、临床药学专业获教育部批准。麻醉学专业被教育部批准为第三批国家特色专业。
2008年，该校有8部主编教材被增列为“十一五”国家级规划教材；启动首批22部“十一五”规划主编教材。中标5部卫生部“十一五”规划视听教材，制作完成已中标的3部视听教材。药理学教学团队被评为国家级教学团队，药理学课程被评为国家双语教学示范课程，基础医学系列课程教学团队成为省级教学团队，临床技能训练中心被评为国家实验教学示范中心；外科学被评为国家精品课程，生理学、护理学基础、医学心理学被评为省精品课程。该校共有国家精品课程10门，位居国内医学院校前列。
2008年，该校共获各级各类课题833项，项目资助金额3672万元。其中，“973”前期专项1项，“863”子课题合作项目3项，“973”子课题合作项目4项；获国家自然科学基金项目数量首次突破50项，达到51项。全年共获得科研成果97项，其中获何梁何利科学与技术进步奖1项，实现该校零的突破。全年共发表SCI文章318篇，比上年增长近3倍。
全年该校共组织学术活动26场次，邀请国内外知名专家学者47人次作学术报告，启动了哈尔滨医科大学重点实验室论坛，师生4000余人次参加了学术活动。
2008年，该校共获得专利授权8项，申请发明专利21项、软件著作权登记1项；对外推荐医疗卫生发明专利40项，其中有偿服务项目30余项。设立“哈医大专利科技成果培育孵化基金”、“哈尔滨医科大学、三联药业科技研发基金”，为提高科研项目成果转化效率提供了资金保证。
四川汶川地震发生后，该校先后派出18批医疗队，共170余名医务人员奔赴地震灾区第一线参加救护工作。该校获卫生部、国家食品药品监督管理局、中医药管理局、总后勤部卫生部授予的抗震救灾医药卫生系统先进集体称号，于凯江、赵鸣雁获全国抗震救灾先进个人称号。该校及五所附属医院分别获得全省卫生系统抗震救灾工作表彰。其中，哈医大一院、二院、三院、四院获抗震救灾先进集体标兵称号，该校和附属五院获抗震救灾先进集体称号。杨艳杰教授被评为2008感动龙江年度人物。
2008年，该校接待来自美国、日本、英国、德国等12个国家共56个团组102人次来校访问、讲学、商谈合作项目。累计派出55个团组、178人前往美国、英国等发达国家进行研修、讲学、培训、参加国际会议。聘任42位海内外著名专家为该校的名誉教授（9人）、客座教授（25人）和海外博士生指导教师（8人）。
2008年，该校再次被评为全国文明单位，并被评选为黑龙江省十佳和谐校园。
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