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2009年，该校有教职工10032人。其中，专业技术人员8685人，专业技术人员中正高级职称987人，副高级职称1818人；中国工程院院士2人，获南丁格尔奖1人，国务院学科评议组成员3人，国家级教学名师2人，国家“长江学者”讲座教授、省“龙江学者”特聘教授16人，享受国务院政府特殊津贴99人，留学归国人员600人。获国家自然科学二等奖、国家科学技术进步二等奖、中华医学科技奖、中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部高等学校骨干教师资助计划奖、吴阶平医学研究奖、何梁何利科技进步奖、保罗——杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120人次。
该校本部在校生13515人。其中，博士生644人，硕士生3152人，本科生6295人，留学生93人；成人专科生2049人，成人本科生1282人。
该校拥有一级学科博士学位授权点4个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、生物学），二级学科博士学位授权点41个、硕士学位授权点49个，三级学科博士授权点55个、硕士授权点63个。博士后科研流动站5个、博士后科研工作站2个，拥有国家重点学科3个，省级以上重点学科（群）35个，省部共建国家重点实验室培育基地1个，省部级重点实验室9个，省普通高校重点实验室11个。
该校五所临床医学院（附属医院）中三所为全国“百佳医院”。实际平均开放床位10036张，年门诊量483.2万人次，年出院总人数34万人次，门诊收治与临床确诊符合率99.53%。另有五所非直接隶属的临床医学院，有编制床位4396张。2009年，该校283个新技术项目参加黑龙江省医疗新技术应用奖的评审，获奖245项。其中，一等奖104项，二等奖96项，三等奖45项。
2009年，校长杨宝峰当选中国工程院院士，共有中国工程院院士2人。王国华被评为2009年全国优秀教师，全国优秀辅导员，黑龙江省首届高校辅导员年度人物。姜洪池教授获国家教学名师奖，周晋教授获黑龙江省教学名师奖。吴坤教授、姜洪池教授、张凤民教授被聘为第六届国务院学位委员会学科评议组成员。新增卫生部八年制规划教材主编和副主编6人，至2009年末，该校共主编教育部“十一五”规划教材30部，卫生部“十一五”规划教材36部；中标卫生部“十一五”规划视听教材4部。
2009年，该校招收博士生220名、硕士生1181名、高等学校教师在职攻读硕士学位人员50名、硕士学位课程班118名、公共卫生硕士（MPH）28名，普通教育招生1362人，成人教育招生1598人。医学影像学专业被教育部确定为第四批国家特色专业（一类），至此，该校已有国家特色专业5个。临床医学专业人才培养模式创新实验区被列为省级人才培养创新实验区。
2009年，该校有36个重点学科（群）参加省教育厅的重点学科“十一五”中期评估，其中29个重点学科获得优秀和良好。在省人事厅组织的省重点学科带头人梯队检查评估中被评为管理工作优秀单位，药理学、营养与食品卫生学、外科学（普外）、内科学（心血管病）四个学科被评为省级优秀重点学科带头人梯队。医学遗传学教研室被评为国家教学团队，外科学、营养与食品卫生学被评为省教学团队。预防医学实验教学中心被评为国家实验教学示范中心。社会医学课程被评为国家双语教学示范课程，现有国家双语教学示范课程2门。流行病学、临床麻醉学、护理人际沟通、内科护理学四门课程被评为省精品课程。该校共有国家级精品课程10门，省级精品课程13门。
2009年，该校获得各级各类课题899项，项目资助金额4447.6万元，其中“973”前期专项1项，“863”子课题合作项目2项，“973”子课题合作项目1项，国家自然科学基金项目72项。全年获得科研成果奖134项，其中获教育部高等学校科学技术奖自然奖一等奖1项；杨宝峰教授获得黑龙江省最高科学技术奖。全年发表SCI文章449篇。全年组织学术活动28场，邀请国内外知名专家学者30人次作学术报告。同时延续了哈尔滨医科大学重点实验室论坛系列学术讲座，师生4000次参加学术活动。
2009年，该校获得专利授权17项，第一、五、十、四十一、四十二类商标注册成功，国家高技术产业化项目获国家发改委项目资助515万元，黑龙江省中俄眼科工程技术研究中心项目、省生物医药信息服务平台建设项目已获批复。该校被评为第四批全国企事业知识产权试点单位、黑龙江省振兴老工业基地研究会科技创新特别贡献单位。
2009年，该校接待来自美国、日本等26个国家、202人次来校访问、讲学、商谈合作项目。派出201个团组、318人次前往美国、日本、香港等34个国家及地区进行讲学、培训、研修、洽谈合作。与日本顺天堂大学、俄罗斯圣彼得堡大学医学院签订友好协议，与加拿大卡尔加里大学医学院、日本滋贺医科大学、金沢大学和熊本大学医学药学研究部修订、续签友好协议。至此，该校已与美国、加拿大、日本、香港等15个国家及地区的76所院校和科研院所签订友好协议。并聘任美国、日本、澳大利亚、俄罗斯等国家和香港地区的25位着名专家、学者为该校名誉教授、客座教授和海外博士生指导教师。
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