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2006年，该所录取硕士研究生40人、博士研究生10人；毕业研究生获博士学位17人，硕士学位51人，在读研究生达202 人。新增项目35项。其中，“863”项目3项、“973”项目2项、国家支撑计划项目11项、国家自然科学基金1项、“948”项目2项。在研项目已达92项，合同经费达7 700多万元，比上年增长15%。
2006年，禽流感研究取得重大进展。根据模型、技术和系统分析，对禽流感的流行趋势和防控提出重要警示，及时发现流行于部分省份的病毒抗原性发生明显变异，现行的疫苗不能提供完全有效的保护。同时成功研制了H5亚型禽流感变异株--新城疫二联活疫苗并投入生产。 建立鸡传染性法氏囊病毒等的反遗传操作技术，为开展病原变异、致病及免疫机理的研究提供了先进的手段；进一步完善了禽痘病毒载体、新城疫疫苗活病毒载体和酵母表达技术平台，为禽类新型基因工程疫苗应用奠定了基础。研制成功猪繁殖与呼吸综合征重组伪狂犬病毒活载体疫苗、猪瘟复制子疫苗、猪圆环病毒灭活疫苗和亚单位疫苗以及猪传染性胃肠炎/猪流行性腹泻/猪轮状病毒三联活疫苗。
基础服务及技术平台建设。以服务科研为宗旨，建立规章制度，完善硬件设施，不断提高专业技术水平。开展生物信息学研究，制定了流行病学调查采样方案制定决策支持模块、流行病学调查数据分析模块和疫病流行趋势预测和仿真模块技术平台研究方案。
2006年，科技部委托自然基金委对国家重点实验室进行第四次评估，兽医生物技术国家重点实验室通过验收。中国首个批准应用的禽用基因工程疫苗--鸡传染性喉气管炎重组鸡痘病毒基因工程疫苗获2006年国家科技进步二等奖。获黑龙江省科技进步一、二、三等奖各1项，哈尔滨市科技进步一、三等奖各1项，中国农业科学院科学技术进步二等奖1项。7个项目通过农业部和省科技厅组织的成果鉴定。全年获疫苗类新兽药证书2个、诊断制品类新兽药证书7个、农业转基因安全证书4 个、国家发明专利4个。
2006年，该所发表文章268篇，SCI收录文章31篇。全年接待联合国粮农组织、国际原子能机构、欧盟考察团等17批次40余人次外国专家代表团来所考察；共派出38人次，前往美国、德国、澳大利亚等国家考察访问，探讨合作或出席国际学术研讨会。国家禽流感参考实验室专家多次应邀出席国际学术研讨会，并多次赴朝鲜、越南等国家进行禽流感防控技术指导；承办了四次国际国内禽流感防治技术及检测比对培训班。 |
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