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2009年，该所新增各类计划项目23项，其中国家自然科学基金获批5项。其他获批项目有科技成果转化资金项目、转基因重大专项、“948”项目、国际合作项目等。开展与地方及企业的横向合作，新增横向课题5项。至年末，在研项目94项，累计到位经费3173.23万元，全年新增合同经费1858.6万元。全年录取硕士研究生53人，博士研究生11人。
加强战略研究，参与“十二五”规划。召开第三届科研发展战略研讨会，开展科研发展战略研究，研讨科研发展方向和急需解决的问题。推介所内专家主动参与中国科学院、中国工程院、国家自然基金委等关于“十二五”动物疫病防控研究战略规划，撰写各类战略研究报告10份，达10万字。全年召开学术委员会会议15次，分别对科研系统岗位设置及需求进行调查研究，对引进人才进行学术把关，对科研岗位绩效评价方法进行优化和调整。对国家自然基金项目、院所长基金和重点实验室基本科研业务费项目进行评审，研究审定2009年兽医科研项目计划建议及“十二五”科技发展战略研究报告，明确了科研发展战略方针。
根据科研发展，适当调整和拓展学科布局。增设重要水禽病毒病、禽白血病、动物源性食品安全、细菌耐药性及药物筛选、经济动物病等15个新的研究内容，把握学科发展方向。
科技产出持续稳定发展。“H5N1亚型禽流感进化、跨宿主感染及致病力分子机制研究”获黑龙江省自然科学一等奖，“猪繁殖与呼吸障碍综合征活疫苗（CH-1R株）的研制与应用”获2009年黑龙江省科技进步一等奖，该所连续七年获黑龙江省科技一等奖。此外获黑龙江省科技进步三等奖、哈尔滨市科技进步一等奖、二等奖、三等奖、中国农科院科技进步一等奖以及神农中华农业科技一等奖各1项，通过成果鉴定6项。猪圆环病毒灭活疫苗、高致病性蓝耳病活疫苗、禽流感DNA疫苗、鸡传染性支气管炎活疫苗、鸡新城疫、传染性支气管炎二联活疫苗等项目申报了新兽药注册，其中猪圆环病毒灭活疫苗、高致病性蓝耳病活疫苗进展顺利，正在评审中；禽流感DNA疫苗以其特有的优势引起了专家及管理部门的高度重视，将加快申报进程。全年申报转基因安全评价17项，获得转基因安全证书2项；申报发明专利25项，获得专利授权9项。发表科技文章263篇，SCI收录文章60篇，比上年增长42.8%。2009年，获禽流感疫苗技术转让收益3800余万元，获得猪传染性胃肠炎与流行性腹泻二联灭活疫苗等技术转让收益650万元。
开展对外科技合作，选择优势合作单位，建立科技创新联盟，加快科研成果的产出。分别与中国兽医药品监察所、广东现代农业集团、哈药集团、宁波出入境检疫检验局等优势单位以及广东永顺、香港格兰柏、山东信德、哈药集团生物疫苗有限公司等企业建立了战略性合作伙伴关系，在优势互补、互利共赢、共谋发展原则的指导下，通过禽流感疫苗、鸡传染性支气管炎疫苗、猪高致病性蓝耳病疫苗等产品的合作研发，加快推进科研成果的产出。加强国内、国外交流的合作。2009年，组织所内专家赴华南农业大学、广东兽医研究所等五个单位进行学术交流，加强沟通。加强国际学术交流，促进科研工作的发展。全年组织接待了加拿大、英国、美国、埃及、泰国、法国、日本等国家24批次、63人次的外国专家及代表团来访，有46位专家以学术报告、座谈等形式与该所专家进行了学术交流。全年派出28人次赴国外参加国际会议或项目考察。与埃及开罗大学兽医学院、美国兽医发展公司、意大利农业生物技术研究中心、加拿大爱德华王子岛大学等大学、研究机构签署了合作谅解备忘录，将在动物源性食品安全风险评估、高致病性禽流感抗性基因的筛选与抗性鸡群的建立、外来病监控、马传贫弱毒疫苗及诊断试剂市场化等方面加强合作。
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