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2009年，黑龙江出入境检验检疫局共检验检疫出入境货物15.8万批，货值32.63亿美元，分别比上年下降19.64%和33.63%。检出不合格入境货物2028批，货值241万美元，对外索赔78万美元。发现疫情150批，15种；检验检疫出入境交通工具37.9万批，出入境集装箱11815标箱。健康体检73729人次，艾滋病监测55762人次，发现病例11723人次，其中艾滋病2例。
黑龙江出入境检验检疫局为动物遗传物质和乳制品国家级重点实验室争取地方配套资金400万元，为煤焦炭国家级重点实验室项目争取到1000万元的地方财政支持。该局已经拥有国家级重点实验室6个。全省系统累计检测项目1800余项。黑龙江出入境检验检疫局技术中心获得农业部绿色食品发展中心农产品地理标志检测机构证书，成为全国系统唯一具有有机食品、无公害农产品、绿色食品及地理标志产品四个资质的指定检测机构。
至2009年末，黑龙江出入境检验检疫局指导建立特色种养殖示范区10个，种植面积4.7万余公顷，养殖数量1708万头（只）。
2009年，黑龙江出入境检验检疫局被中央文明委评为全国精神文明建设工作先进单位。全省系统省级以上文明单位占68%
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