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2008年，哈尔滨市金税工程保持高质量运行，存根联采集率100%；报表差错率为零；抵扣联重号率为零。完成2397份稽核比对异常增值税专用发票和其他抵扣凭证信息的核查协查工作，查处异常抵扣凭证109张，查补税款162.13万元。开展上半年稽核异常海关完税凭证清理检查工作，完成国家税务总局下发的稽核异常海关完税凭证294份。增值税专用发票审核检查子系统（1.0版）正式上线运行。完成增值税专用发票存根联滞留票核查和红字增值税专用发票通知单管理系统推行工作，举办培训班122期，提前完成14229户一般纳税人企业红字增值税专用发票通知单管理系统推行任务。开展增值税专用发票专项清查工作，完成1600余户异常商贸企业增值税一般纳税人的清查工作。推行电子申报1.3万余户，推行率90%；推行网上认证4550户，推行率29.33%，网上认证发票率达到75%。完成15452户一般纳税人申报的“一窗式”比对工作。完成全市1.5万余户增值税一般纳税人及专用发票管理情况的清理检查。完成上年度全市3100户企业税收资料调查工作。
2008年，哈尔滨市落实流转税税收优惠政策。全年共为2611户纳税人办理减免退税13.8亿元。其中，82户粮食购销企业免税8000万元，220户促进残疾人就业企业退税7000万元，232户饲料企业退免税8000万元，96户综合利用建材企业减免退税1.1亿元，915户农业生产资料企业免税4.3亿元，17户军工、军队军品企业免税2.5亿元。继续做好扩大增值税抵扣范围试点企业的退抵税工作，全年试点企业固定资产进项税退抵税2.4亿元。
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