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2009年，哈尔滨市强化学校传染病防控工作。联合对8个区、4个县国家免疫规划工作进行检查，为有效阻止校内传染病的聚集性爆发奠定了基础。联合召开哈尔滨市学校传染病防控工作会议，部署全年学校传染病防控工作并对国家扩大计划免疫的相关知识进行业务培训，80名区保健所工作人员和骨干校医接受培训。市教育局聘请专家对市区非学历教育学校领导近2000人进行首次培训，强化防控传染病的意识，为预防传染病在学校和社会的流行和爆发起到积极作用。全市有49所中小学和151名教师获哈尔滨市卫生教育先进集体和先进工作者称号。
组织8个区教育局、中小学卫生保健所和部分学校校医76人，参加黑龙江省学校传染病防控骨干培训班，增强学校预防传染病的能力，为防控甲流做好人员和技术方面的准备。9月中旬，成立甲流防控办，设立甲流疫情专线电话，各级教育部门和学校采取有效措施，得到市防控办的认可。甲流期间，每天利用网络手段召开八区十县（市）视频会议，传达最新文件精神，了解各区县（市）最新动态，掌控全局。与卫生部门密切配合，完成全市初中、高中毕业生、住宿制学校学生和部分学校学生的甲流疫苗接种工作，保证中考和高考的顺利进行及教育教学的正常开展。对全市90余万名中小学生进行乙肝疫苗接种情况的摸底调查工作，为卫生部门顺利开展乙肝疫苗补种打下基础。
强化食品卫生安全工作检查。牵头召集市卫生局、食品药品监督管理局共同对区县（市）的43所中小学的食堂、学生饮水、二次加压水箱清洗消毒情况进行抽查，并对8所定餐学校的接餐流程进行指导，消除学校饮食饮水等方面的隐患。对3家学生营养餐供餐企业的原材料采购、食品加工流程、库房管理以及索证、消毒等制度进行检查，确保学生营养餐的安全。通过了省级三个部门对哈尔滨市学校食品卫生工作的联合检查。
学校红十字会工作取得新进展。在首批获得国家级红十字模范校称号的钱塘小学举行纪念汶川地震一周年红十字青少年防灾避险知识竞赛，1800名学生参加。在市区40所中小学校组建红十字青少年救护队，提高学生自救自护能力。
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