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该校1948年创建于哈尔滨，始称东北农学院，是中国共产党在解放区创办的第一所普通高等农业院校。哈尔滨市第一任市长刘达为学校第一任院长。自建校以来，该校先后隶属于东北行政委员会农业部、国家高等教育部、国家农业部、黑龙江省农业委员会、黑龙江省教育厅，1981年被确定为黑龙江省省属重点院校，1994年与黑龙江省农业经济管理干部学院合并组建东北农业大学，1996年成为首批国家“211工程”重点建设大学。该校现有19个学院和1个教学部，涉及农学、工学、理学、经济学、管理学等学科门类；拥有3个国家重点学科，2个农业部重点学科，2个省级重点学科群，6个省级一级重点学科，29个省级二级重点学科。
该校拥有教授、副教授和博士生导师任职资格审定权，师资队伍结构合理。现有专任教师1097人。其中，教授195人，副教授256人；具有博士学位者326人，具有硕士学位者479人。教师中有中国工程院院士1人，何梁何利基金科学与技术进步奖获得者1人，国家级教学名师1人，“龙江学者”特聘教授8人、讲座教授3人，霍英东青年教师基金和青年教师奖获得者13人，博士生导师145人。
该校拥有72个本科专业，6个一级学科博士点、32个博士学位授权点，8个一级学科硕士点、65个硕士学位授权点，7个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。设有农业部俄语培训中心，生物学设有教育部国家理科基础科学研究和教学人才培养基地。现有全日制在校生19071人。其中，研究生3061人，本科生15873人，外国留学生137人。
该校以北方现代农业和北方寒地农业为科研特色，设有2个国家级研究中心（国家乳业工程技术研究中心、国家大豆工程技术研究中心），9个省部级研究中心，17个省部级重点实验室，其中乳品科学教育部重点实验室是黑龙江省省属院校中首个教育部重点实验室。
该校与俄罗斯、日本、韩国、美国、加拿大、澳大利亚、爱尔兰等国家的52所高校及科研单位建立了联系，广泛开展国际交流与合作，是国内最早与俄罗斯开展联合办学的高校之一，初步形成了“以东北亚为主、博采众长”的国际交流特色。
该校占地面积366.5万平方米，总建筑面积82.64万平方米，教学科研仪器设备总值2.53亿元，图书馆藏书174.71万册（其中电子图书65.99万册）。该校主办期刊《东北农业大学学报》（自然科学版）、《东北农业大学学报》（社会科学版）、《东北农业大学学报》（英文版）、《中国马铃薯》、《饲料博览》、《中国乳品工业》、《乳品与人类》、《渔业经济研究》、《大豆科技》在国内外公开发行。
2008年1月17日，该校选育高寒超早熟大豆品种达世界领先水平，填补国内空白。2008年，该校农业昆虫与害虫防治学科被批准为省级重点学科（专业）带头人梯队。该校已拥有18个省级重点学科（专业）带头人梯队，重点学科（专业）带头人梯队数量和层次位居黑龙江省高校前列。该校“211工程”三期建设方案通过审定。教育部“新世纪优秀人才支持计划”结题验收结束，该校李辉教授以优秀成绩通过。
在黑龙江省第四届教学名师奖评选中，该校动物医学学院魏萍、理学院叶非、成栋学院柴玉华3位教师获教学名师奖。至此，该校省级教学名师奖获得者增至5人。2008年，在黑龙江省普通高等学校本科精品课程评选中，该校食品生物化学、园林树木学、动物繁殖学和兽医药理学4门课程被评为省级精品课程。至此，该校省级精品课程已达19门。动物生物化学和兽医外科学2门课程获2008年国家级精品课程。该校兽医临床教学团队获2008年国家级教学团队，园艺专业被评为第三批国家级特色专业。在2008年全国大学生数学建模竞赛中，该校的两支参赛代表队分别获得了国家一等奖和国家二等奖。
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