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2009年，该校有19个学院和1个教学部，涉及农学、工学、理学、经济学、管理学等学科门类；拥有3个国家重点学科，3个国家重点（培育）学科，2个农业部重点学科，2个省级重点学科群，6个省级一级重点学科，29个省级二级重点学科。该校拥有65个本科专业，6个一级学科博士点、32个博士学位授权点，8个一级学科硕士点、65个硕士学位授权点，8个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。设有农业部俄语培训中心，生物学设有教育部国家理科基础科学研究和教学人才培养基地。有全日制在校生19600人。其中，研究生3191人，本科生16282人，外国留学生127人。
该校拥有教授、副教授和博士生导师任职资格审定权，师资队伍结构合理，整体水平较高。现有专任教师1136人。其中，教授203人，副教授277人；具有博士学位者392人，具有硕士学位者462人。教师中有中国工程院院士1人，何梁何利基金科学与技术进步奖获得者1人，国家级教学名师1人，省级教学名师5人，“龙江学者”特聘教授11人、讲座教授3人，霍英东青年教师基金和青年教师奖获得者13人，博士生导师145人。
该校以“北方现代农业”和“北方寒地农业”为科研特色，设有2个国家级研究中心（国家乳业工程技术研究中心、国家大豆工程技术研究中心），13个省部级研究中心，17个省部级重点实验室，其中乳品科学教育部重点实验室是黑龙江省省属院校中首个教育部重点实验室。
该校与俄罗斯、日本、韩国、美国、加拿大、澳大利亚、爱尔兰等国家的52所高校及科研单位建立联系，广泛开展国际交流与合作，是国内最早与俄罗斯开展联合办学的高校之一，已初步形成“以东北亚为主、博采众长”的国际交流特色。
该校占地面积366.5万平方米，总建筑面积83.92万平方米，教学科研仪器设备总值2.75亿元，图书馆藏书170.5万册（其中电子图书65.99万册）。该校主办期刊《东北农业大学学报（自然科学版）》、《东北农业大学学报（社会科学版）》、《东北农业大学学报（英文版）》、《中国马铃薯》、《饲料博览》、《中国乳品工业》、《乳品与人类》、《渔业经济研究》、《大豆科技》在国内外公开发行。
2009年，该校的李文哲、王洪斌两位教授新入选为国务院学位委员会学科评议组成员。至此，该校国务院学位委员会学科评议组成员已增至4人。在2009年国家自然科学基金项目评审中，该校获批准立项24项，获资助经费总金额671万元，创历年最高水平；在国家社科基金项目评审中，该校申请的3项课题获得批准并得到资助。2009年，由该校国家乳业工程技术研究中心倡议发起的乳业技术创新战略联盟在京成立，该校校长李庆章当选联盟首任理事长。2009年，中国着名大豆专家、东北农业大学教授王金陵成为中国首位世界大豆研究大会奖获奖人，李文滨教授当选世界大豆研究会执行委员会委员。许振英教授被农业部授予新中国成立60周年“三农”模范人物称号。冬小麦育种专家佟明耀教授获全国离退休干部先进个人称号，受到中共中央政治局常委、中央书记处书记、国家副主席习近平等国家领导人的亲切接见。园艺学院教授、博士生导师李景富获第三届中华农业英才奖，并被授予黑龙江省第七届十佳公仆称号。校团委高放被共青团中央、中国青年志愿者协会授予中国百名优秀志愿者称号。
2009年，该校生命科学学院的植物学课程教学团队被确定为2009年国家级教学团队，至此，该校已经拥有国家级教学团队2个、省级教学团队5个。该校作为第一完成单位申报的《黑龙江省“村村大学生计划”人才培养体系建设的研究与实践》获第六届高等教育国家级教学成果奖二等奖。赵新淮教授的研究论文《Food &Chemical Toxicology》入选农业学科科学领域的“Fast breaking papers（快速突破论文）”，全年全球只有132篇论文入选，中国9年内共有9篇入选。在中国教育电视界最高规格的评奖活动——全国优秀教育电视节目评奖中，该校选送的专题片《新庄村、新农村、新面貌》——黑龙江省五常市二河乡新庄村新农村建设侧记，获专题类二等奖。由徐雅琴等制作的课件《农业院校有机化学网络课程》获第九届全国多媒体课件大赛高教理科组二等奖。
2009年，该校选派的代表队在全国大学生数学建模竞赛中，分别获国家二等奖3项，省级奖6项。在2009美国大学生数学建模竞赛中，该校参赛代表队获得H奖（二等奖），这是该校自2003年参加该项比赛以来取得的第四个美国赛二等奖。在2009年“高教杯”全国大学生先进图形技能与创新大赛中，该校参赛代表队获得建筑类团队二等奖1项，个人全能一等奖1项，个人单项一等奖5项，个人全能二等奖4项。学生作品《乳蛋白中抗氧化肽获取的新方法》在第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛中获国家级三等奖。学生作品《从这里开始》获得第三届全国大学生广告艺术大赛国家级三等奖。经济管理学院“班村共建”青年志愿者服务队获2009年黑龙江省十大杰出志愿者服务集体称号。动物医学学院学生迟喻丹获第九届黑龙江省十佳大学生称号。学生李玉峰被选为哈尔滨第二十四届世界大学生冬季运动会文明礼仪形象大使。
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