黑龙江省历史上最长的水路客运航线是哈尔滨至黑河航线，航线全长1418公里。1939年4月，日本帝国主义为了其经济掠夺的需要，强行将1934年4月成立的哈尔滨水运局与民间船主联合，组建了北满江运局，隶属满洲铁路局统制，垄断了松、黑、乌、嫩4江的航运。是年，经营了以哈尔滨和黑河为起止点的定期客班航线。乘客多是由山东、河北经哈尔滨去黑龙江各金矿的劳工、沿岸移民及日本开拓团人员，其次是官吏和公司职员，另一些旅客则．是一般商贩和农民。1945年日本投降后，苏军将松、黑、乌、嫩4江上有漂浮能力的船舶，作为"战利品"皆尽拖往伯力，使水路客运一度中断，该航线也因此而停运。
黑龙江省日前最长的水路客运航线是哈尔滨至抚远航线，航线全长901公里。1984年5月16日，该航线正式通航。沿途经巴彦县、木兰县、通河县、依兰县、佳木斯市、绥滨县、同江市等市、县，对沟通哈尔滨与抚远三角洲之间的政治、经济往来，发展地区贸易和边境贸易，起到了重要作用。
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