哈尔滨医科大学成立于1949年4月16日。它的前身是中国工农红军卫生学校(抗日战争时期改为中国医科大学)。1949年1月根据东北行政委员会决定，在合并中国医科大学一、二分校的基础上建立起来的。30多年来，它已发展成为一所学科比较齐全的高等医学院校，是黑龙江省医学教育、医疗工作和医学科研工作的中心。
哈尔滨医科大学现设有医学系、卫生系和口腔医学系。全校现有教研室65个。有教授28人，副教授163人，副研究员23人，剐主任医师137人。在校学生2382人。近年来，哈尔滨医科大学加强了基础课、实验课和外语课教学，提高了教学质量。
1978年起，恢复招收研究生。现有在校研究生242人。有32个学科专业有硕士学位授予权。心血管内科学的于维汉教授、博士英教授、营养与食品卫生学的刘志诚教授、内分泌生理学的程治平教授、医学遗传学的李璞教授等5位学者还有博士学位授予权。
黑龙江省医学科学院设在哈尔滨医科大学。下设克山病，基础医学，卫生学、肿瘤学、大骨节病、心血管疾病、血液病、社会医学、医学情报等9个研究所。承担着国家和黑龙江省的科研任务。
在1978年全国科学大会上，克山病病理研究、东北地区森林脑炎病毒学及流行病学研究、STS-I双探头数学化彩色扫描机的研制等8项成果，曾获特别科研项目奖，于维汉教授因在克山病研究中所做的重要贡献获特别科研项目奖。在全国卫生科学大会上，针炙麻醉原理研究、克山病非生物病因研究、大骨节病病因和防治措施的研究、角膜移植等11项成果受奖。
哈尔滨医科大学设有公共卫生学院、基础医学部和3个附属医院。第一、第二附属医院为综合性医院，第三附属医院为肿瘤专科医院。共有病床2000余张。第二附属医院从1979年以来两次荣获国务院嘉奖，被评为全国先进单位。图书馆藏书30万册，外文书13万册，期刊1100种，其中外文期刊700种。
编辑出版刊物有《哈医大学报》、《国外医学遗传学分册》、《国外医学免疫学分册》、《中华地方病杂志》等。
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