继《中俄御敌互相援助条约》签订后，1896年9月8日，中俄正式签订《中东铁路合同》，其中规定："凡勘定该铁路方向之事，应由中国政府所派总办酌派委员，同该公司之营造司暨铁路所经之地方官和衷办理"。
1897年1月，中东铁路公司给中国驻德公使许景澄送来一份"所拟路图"，基本上确定了铁路走向，大致是："西自粗鲁戛图过河入界，经呼伦贝尔之北，溯海拉尔河，过兴安岭，顺雅尔河上游至齐齐哈尔，过嫩江至呼兰城，顺松花江西岸直至阿拉楚喀北，过江经察巴拉河源及(蚂蜒)即爪林河，顺米占河至宁古塔北之萨尔胡城，过胡尔哈界过岭经穆棱河、绥芬河二源间”出界。
但不久，俄方又欲将铁路路线南移，大致是"原线至呼伦贝尔，改向东南，沿依奔河、乌奴尔河(即依奔河之北一支)，过岭沿绰尔河上游(原线沿雅尔河)渡河，经蒙古扎赉特旗地，渡陀嗽河，沿嫩江西岸，经蒙古郭尔罗斯前旗地(旗界尚未确考)，渡松花江，至伯都纳(今扶余县)，沿松花江北岸，至宁古塔(原线过萨尔胡城)，至瑚布图河，渡河出界"。
驻俄公使许景澄鉴于新线所经吉林、扶余地区人烟稠密，村镇棋布，铁路用地难以划拨；另外，新线“需经行蒙古境内，为两国原订凭件未载，亦有窒碍”。所以，他断然拒绝了俄国将路线南移的要求。
黑龙江将军恩泽，也于1997年6月9日电告总理衙门，表示路线南移，对中俄两国均无利益：
"查中俄会建铁路，本意所在原为厚民生而资利用。理必就现有城池地方经过，庶货物辏集，搭客众多，地方因之兴旺，买卖藉以增益，固不嫌路之曲折也。今俄人欲改初议路线，拟走蒙古草原，直至伯都纳。虽路平坦，究之一片荒土，人烟绝少，毫无生意；意将齐齐哈尔省城撇在一边，诸事不便，两国均无利益。且将来开办之日，所派弁兵，难以照料。至呼兰地方，为江省精华所萃，尤为轨道所应经，愚意仍请照前议之路建修。”
但清政府没有认真考虑驻外大臣许景澄和边疆大臣恩泽的意见，就做出决定。6月21日，总理衙门电饬吉林、黑龙江两将军，同意了俄国人关于改变路线的要求。在中东铁路建设局的统筹安排下，各勘测地段段长，经过必要的准备之后，带领全体勘测和保卫人员开始前往工作地点。总工程师尤格维奇在医官博列季科、总参谋部大尉索科弗宁和翻译刘镜人(中国驻英三等翻译官、六品衔)等陪同下，沿中东铁路预定经过地区自东而西，又自西而东，跋山涉水，历时5个月之久，对新、旧两线在已经勘测的基础上，又做了进一步的实地踏查。
中东铁路的勘测工作是在极其艰苦的条件下进行的。东北地区夏季炎热多雨，山洪暴发，河水泛滥；冬季严寒，朔风凛冽，大雪漫天，加上可供参考的地形、地质资料，甚至连简单的地图都非常缺乏。所有这些，都妨碍了勘测工作的顺利进行。
尤格维奇经过实地考察，发现伯都纳地势低洼，土地潮湿，而且经常遇到水患，既不利于铁路的兴修，又不便于近代化都市的建设。松花江虽然流经伯都纳，然而由于当地水浅，航道狭窄，较大的船只无法通过。所有这些不利条件，冲淡了俄人对伯都纳以及整个新线的兴趣。
1898年3月，中俄签订《旅大租地条约》，俄国一举获得了建筑和经理中东铁路南满支线的特权。这样一来，把铁路干线向南移动的必要性已不复存在，只需在丁字形路线上确定一个交叉点即可了。所以，中东铁路总的走向直到这时才最后确定下来。同时也规划了将来中东铁路行政中心的地点。早在1 897年冬季，俄国施德洛夫斯基工程师为勘察北部路线，初来哈尔滨地方，曾在道里区沿江高地上的大榆树上升起了勘测宿营的旗帜，大概了解了这一带的地势。1898年4月24日，以施德洛夫斯基为首的特别考察队再次来到哈尔滨地方，结果选上了位于松花江与其支流阿什河之间的三角地带，即今哈尔滨市区。 |
